พวกนิยมศาสนารุกรานเข้ามา ไม่ได้ทำลายเฉพาะองค์กรและบุคลากรทางด้านการเมืองและทหารเท่านั้น แต่ทำลายประชาชนและสถาบันศาสนาอื่นๆ ด้วย มีความเข้าใจผิดว่าพระสงฆ์ในพระพุทธศาสนา เป็นเพียงผู้บูชารูปปั้น (idolater-ผู้บูชารูป วัตถุด้วยความหลงใหล)*** จึงถูกฆ่าอย่างทารุณ เจดีย์ วิหาร มหาวิทยาลัย และ โรงเรียน ทั้งหมดถูกเผาทำลาย เฉพาะที่นาลันทา การเผาทำลายห้องสมุดดำเนินต่อเนื่องไปเป็นเวลาหลายเดือน มินหซัด (Minhazad) นักประวัติศาสตร์มุสลิม บันทึกไว้ในหนังสือ ตวกตะ(Tavakata) ว่า ใจกลางเมือง มีวัดขนาดใหญ่และมั่นคงกว่าที่อื่น ไม่สามารถบรรยายถึงความใหญ่โตโอ่อ่าได้ สุลต่าน(Sultan)บรรยายด้วยความชื่นชมว่า ถ้าใครปรารถนาที่จะสร้างตึกให้เทียบเท่ากับวัดนี้ต้องใช้จ่ายทรัพย์ ๑๐๐,๐๐๐ ดินาร์แดง (hundred thousand red dinars) ต้องใช้เวลาสร้าง ๒๐๐ ปี และ ต้องใช้คนงานก่อสร้างที่มีประสบการณ์ และความสามารถมากที่สุดอีกด้วย จึงจะสามารถทำได้ แต่สุลต่านก็สั่งทหารว่า วัดทั้งหมดควรจะต้องถูกเผาด้วยการเอาน้ำมันราดแล้วจุดไฟเผา และทำลายให้ราบเป็นหน้ากลอง สันนิษฐานว่า ขณะที่สุลต่านสั่งทหารเข้าเผาทำลายนาลันทานั้น กิจกรรมการเรียนการสอนและศาสนกิจอย่างอื่นยังคงดำเนินไปตามปกติ เห็นได้จากบันทึกของมินหซัดตอนต่อมาว่า คนที่อาศัยอยู่ในสถานที่นั้นจำนวนมาก หนีกระจัดกระจายไปต่างถิ่น หลายคนหนีไปได้สำเร็จ แต่ที่หนีไม่พ้นก็ถูกฆ่า การนับถืออิสลามหรือความตาย คือทางเลือกที่มาหมุด(Mahmud) กำหนดให้ประชาชน คนที่อาศัยอยู่ในสถานที่นั้นส่วนมากเป็นพราหมณ์ โกนศีรษะ(พระภิกษุนั่นเอง) ถูกฆ่า หนังสือจำนวนมากซึ่งถูกค้นพบในที่นั้น เมื่อกองกำลังมูฮัมหมัดมาเห็นเข้า จึงถามว่ามีเนื้อหาเกี่ยวกับอะไร แต่คนที่รู้เรื่องถูกฆ่าตายไปหมดแล้ว จึงไม่มีใครอธิบายได้ "ถ้าคนเหล่านั้น(ชาวนาลันทา)หันมานับถือศาสนาของเรา(อิสลาม) นั่นเป็นการดี ถ้าไม่เช่นนั้น พวกเขาต้องถูกคมดาบ"กองกำลังมูฮัมหมัดจึงเริ่มฆ่าคนที่อาศัยอยู่ในนาลันทา ต่อจากนั้น เก็บกวาดเอาทรัพย์สินเงินทอง จับชายหญิงที่รูปร่างหน้าดี ประมาณ ๒๐,๐๐๐ คน รวมทั้งเด็กไปบำเรอกาม ซึ่งเป็นภาพเหตุการณ์โหดร้ายเหลือที่จะบรรยาย เมื่อเหตุการณ์ลุกลามใหญ่โต สุลต่าน ควบคุมไม่ได้ มีคนถูกจับและถูกฆ่าไปทั้งหมด ๑๒,๐๐๐ คน รวมทั้งชาย หญิง และเด็ก ทำลายล้างสถานที่มั่นทั้งหมด หลังจากที่เข่นฆ่า กวาดเก็บเอาทรัพย์สินจนพอใจแล้ว สุลต่านจึงกลับไปและประกาศชัยชนะที่ได้มาเพื่ออิสลาม มีประชาชนชายหญิง และเด็กออกมาร่วมแสดงความยินดี ขอบคุณพระเจ้า เมื่อนาลันทาถูกทำลายลงอย่างนี้ พระสงฆ์ที่หนีรอดจากความตาย ได้เดินทางไปเนปาลและทิเบต เมื่อพระสงฆ์ถูกทำลาย ชาวพุทธก็ถูกละเลยไม่มีคนอบรมสั่งสอน นับแต่นั้นมา หลักการและวิธีการระหว่างชาวพุทธกับผู้ที่มิใช่ชาวพุทธก็ผสมผสาน เกิดความสับสน ในที่สุด ชาวพุทธก็ถูกกลืนเข้าไปในประชาคมที่มิใช่ชาวพุทธ เพราะแรงกดดันจากระบบวรรณะของฮินดู และแรงบีบคั้นจากมุสลิม เจดีย์ซึ่งรอดพ้นจากการถูกทำลาย ถูกเปลี่ยนสภาพเป็นวัดฮินดู ทำให้พระพุทธศาสนาสูญหายไปจากอินเดีย ปัจจุบัน มีเพียงกลุ่มชาวพุทธอิสระเล็กๆ เท่านั้น เหลืออยู่ในรัฐ เบงกอล รัฐอัสสัม รัฐโอริสสา และบางส่วนของอินเดียตอนใต้ พระพุทธศาสนาอยู่ในฐานะเกือบจะเรียกได้ว่าเป็น ศาสนาต่างถิ่นในถิ่นมาตุภูมิของตนเอง ความสูญสลายแห่งพระพุทธศาสนาจากอินเดียในยุคที่ชาวเติร์กรุกราน ทำให้สรุปได้ว่า การรุกรานของมุสลิมคือสาเหตุหลัก ของการเสื่อมสูญแห่งพระพุทธศาสนาจากดินแดนซึ่งเป็นถิ่นกำเนิด ของตนเอง